合肥中科离子医学研究所（亦称合肥离子医学中心）是中国科学技术大学与中科院合肥物质科学研究院等共建的国家级离子医学创新平台，依托合肥综合性国家科学中心大科学工程技术基础。
2016 年成立，聚焦质子治疗技术研发与临床转化，构建 “产学研医” 一体化体系。核心任务是打造国产超导质子治疗系统，打破国外技术垄断，已研发出CoverOne 超导质子治疗系统，具备 360° 旋转机架、呼吸控制等精准放疗技术。
作为临床研究与治疗中心，与合肥中科离子技术装备公司紧密协作，承担国产质子治疗系统临床试验，同时开展多学科交叉研究，推动高端医疗装备产业化，助力提升我国肿瘤精准治疗水平。
